Fauna Japoniei se caracterizează prin animale tropicale tipice regiunii de sud-est din Asia, animale ale zonei temperate coreano-chineze și animale siberice subarctice. Fauna Japoniei include și unele specii și relicve nemaiîntâlnite în regiunile înconjurătoare. Acestea populează de obicei Insulele din sudul Kyūshū-ului sau în Insulele Bonin, dar uneori chiar și insula Honshū.